《永夜協奏曲》的故事發生在十世紀初,作為西大陸上最大宗教組織的伊爾學會使用了禁忌的魔法,擊敗了他們的死敵,成功統一了整個大陸的信仰。但是卻帶來了巨大的後遺症,那就是使得神的力量遲遲無法散去,長時間遮蔽著天空,讓陽光無法照射到地麵。整個西陸在此後的100多年裏一直處於黑夜籠罩的狀態,這段黑曆史就被稱作為“永夜”。
主角塞法是一個孤兒,他的親生父母都是宗教革命的犧牲品。後來,他被伊爾學會的一個很有權勢的名門收養,成為尊貴的三公子。他的大哥是樞密卿,而二哥則是千騎長。作為被寄予厚望的貴族,塞法從小被按照學會正統流程培養,將來繼承家業。但是隱藏在塞法沉穩性格下的內心,卻期望著叛逃出這個家族的牢籠。
在一次任務中,塞法結識了一位東陸少女。這名少女名叫安雪,實際上的身份是東陸一個小國的公主、以及宗教抵抗組織的一位煉金師。在安雪的引導下,塞法一步步的開始發現了自己身世的秘密,同時,他和安雪的關係也一步步的靠近。